[#IMAGE|S72#]カロリーベースの食料自給率を見る上で注意を要するのが畜産物の取扱いです。
我が国において、畜産物は農業総生産額の25.8％（平成15年度現在）を占める重要な農業生産分野ですが、とうもろこし等の飼料により国内で育成された分については、厳密には自給とは言えません。
従って、畜産物については、国産であっても飼料を自給している部分しかカロリーベースの自給率には算入しないこととしています。
例えば、豚肉自体の品目別自給率は53％ですが、このうち自給飼料によって生産された豚肉の国産熱量は、豚の飼料自給率9.7％を乗じて算出されるため、結果的にカロリーベースの食料自給率の計算上用いる豚肉のカロリーベースの自給率は５％となります。
畜産物のカロリーベース自給率（平成１５年度）
牛肉： 品目別自給率（39）、飼料自給率（26.2）、カロリー自給率（10）
豚：品目別自給率（53）、飼料自給率（9.7）、カロリー自給率（5）
鶏：品目別自給率（67）、飼料自給率（9.7）、カロリー自給率（7）
鶏卵：品目別自給率（96）、飼料自給率（9.7）、カロリー自給率（9）
牛乳：品目別自給率（69）、飼料自給率（42.3）、カロリー自給率（29）