サンガーシーケンスにはまず、調べたいDNAの鋳型鎖が必要です。これは事前にたくさん用意しておきます。次に遺伝子の複製に必要なDNAプライマーと、複製を行うDNAポリメラーゼ、そしてA,T,G,CのヌクレオチドとA,T,G,Cのうちいずれか1種類の特殊なヌクレオチド（ジデオキシヌクレオチド）を用意します。
まず初めに、調べたいDNAの鋳型鎖にDNAプライマーがくっつきます。そこに、DNAポリメラーゼがくっついて遺伝子の複製が進んでいきます。
今回使用したジデオキシヌクレオチドが仮にA（アデニン）とすると、複製の過程で鋳型鎖のT（チミン）の部分には普通のアデニン、もしくはジデオキシヌクレオチドのアデニンが結合します。ここでジデオキシヌクレオチドのアデニンが結合した場合、遺伝子の複製はここで終了します。
ただ、DNAの鋳型鎖とDNAプライマーはたくさん用意してあるので、別のパターンでは普通のアデニンが結合する場合もあります。そうすると、遺伝子の複製は止まらずに進んで行きます。