厚生労働省通知試験法、もしくはそれと同等以上の妥当性が評価された試験法を用いれば、
適正な農薬検査を行うことはできますが、得られた結果において、検出されたピークが農薬成分であるか否かを判定するためには、知識や経験、ノウハウが要求されます。なかでも農薬一斉検査は、分析時間30～40分の間に300種以上の農薬成分を同時に計測するため、検出されたピークが重複する場合も多く、そのピークが農薬成分なのか、その他の成分なのか（マトリクス成分、色素系成分、香り系成分など）を見極めるのが難しいケースに遭遇することがあります。