そもそも原虫とは何か？
寄生虫を大きくわけると原虫と蠕虫にわけられます。
その違いは単細胞（原虫）、多細胞（蠕虫）によるグループです。
まず、原虫は非常に小さく顕微鏡でないと見ることができません。
原虫症と言っても原虫種、寄生部位、宿主の状態等によって症状は様々です。
ジアルジア、バランチジウム、コクシジウム、赤痢アメーバなどは下痢を伴う症状を呈し、その感染経路の多くは感染形態（主にシスト様）の経口摂取によるものです。
これらは宿主から排出された糞便に多く含まれ、環境中に長く存在するものも多くいます。
汚染された生肉や加熱が不十分なままの肉の摂食、その調理器具、生野菜など組織シストや環境中のシストを一緒に摂食することで、人にも感染します。（人獣共通感染症）
また、トキソプラズマ症の原因原虫Toxoplasma gondiiにおいては宿主特異性が低く、終宿主は猫及びネコ科の野生動物の腸管内でのみ有性生殖しますが、感染においてはほぼ全ての温血脊椎動物に感染能をもち、多くは不顕性感染です。
しかし、宿主が重度な疾病に罹患して抵抗力や免疫状態が低下するとトキソプラズマ症を発症することがあります。
人の性感染症でトリコモナス症が広く知られていますが、これはTrichomonas vaginalisという原虫によって引きこされる性感染症です。一方畜産におけるトリコモナス症では牛の生殖器トリコモナス症が挙げられます。これはTritrichomonas foetusが原因の原虫症です。
現在では人工授精の精度の向上と普及により牛のトリコモナス症ほとんど見られなくなっています。
これらの原虫症に対して畜産動物の治療薬はメトロニダゾールが選択されてきましたが、平成 25 年以降畜産動物におけるメトロニダゾールの使用が規制対象になりました。技術の進歩により問題視されなくなった原虫症もあれば、時代の変化による規制薬剤の増加でその飼育環境に影響を及ぼさざるを得ない現在、原虫症の脅威に今後も向き合っていかなければならないと感じています。